آشفتگی جنسیتی یا بی‌قراری جنسیتی (به انگلیسی: gender dysphoria) وضعیتی است که رابطه بین جنسیت شناخته شده فرد در جامعه و جنسیت درک شده توسط خود فرد از بین رفته است. فردی که دچار آشفتگی جنسیتی شود قطعاً تراجنسیتی یا تراجنسی است و تضادی بین جنس و جنسیت فرد برقرار است.

در معنای دیگر آشفتگی جنسیتی به معنای ناراحتی و نارضایتی مداوم فرد از خصوصیات جنسی بدن و آرزو و میل شدید به بودن در نقش جنس و جنسیت مخالف و شناخته شدن به عنوان جنسیت مخالف است[۱] برخی ار تراجنسیتی‌ها آشفتگی جنسیتی را به عنوان یک مورد پزشکی قبول ندارند بلکه آن را طیف جدید از جنسیتی میدانند که دیگران آن را عادی می‌خوانند.

آشفتگی جنسیتی رابطه‌ای با گرایش جنسی فرد ندارد.[۲] مانند هر فرد دیگر، شخص دارای آشفتگی جنسیتی می‌تواند هر گرایشی داشته باشد. آشفتگی جنسیتی در هر سنی ممکن است رخ دهد. به عنوان مثال پسری که هنوز به سن بلوغ نرسیده و خود را دختر می‌داند و رفتارهای دخترانه انجام می‌دهد نیز دچار آشفتگی جنسیتی شده است. نوجوانان نیز در دوارن بلوغ ممکن است دچار آشفتگی جنسیتی شوند، این مرحله معمولاً برای اکثر افراد اتفاق می‌افتد. فرد بالغی که دچار آشفتگی جنسیتی شود معمولاً برای درمان و بررسی این آشفتگی اقدام می‌کند. با مراجعه به روانپزشک شدت این مشکل بررسی می‌شود و روانپزشک فرد را برای طی کردن مراحل بیشتر راهنمایی می‌کند و یا به فرد کمک می‌کند تا جنسیت حاضر خود را بپذیرد. معمولاً اگر لازم باشد مراحل بیشتری را طی کند ابتدا باید در نقش جنسیت مخالف زندگی کند تا برای مراحل بعد آماده شود.