‏این عنوان آخرین قسمت از مجموعه شینوبی بوده که برای سگا منتشر شده است. گروه Neo Zeed که گمان میشد 2 سال پیش از بین رفته باشد، بار دیگر بازگشته و به فرماندهی مردی که از او با نام Shadow Master یاد میکنند تصمیم به تهدید علیه دنیا گرفته است. شخصیت داستان که همان نینجا Joe میباشد از موضوع با خبر شده و با ترک کوهستان های مرتفع ژاپن، تصمیم به رویارویی مجدد با دشمن انتقام جوی خود میگیرد، چرا که او یک شینوبی است، قوی تر از فولاد و سریع تر از تندباد. او آخرین حافظ تکنیک های Ninjitsu از قبیله Oboro بوده و تنها خودش توانایی متوقف کردن Neo Zeed را خواهد داشت. بر خلاف قسمت قبل اکشن موجود در این بازی نرم تر شده و بیشتر بر روی سرعت تمرکز دارد. علاوه بر توانایی دویدن های سریع، اکنون Joe از قابلیت های جدیدی همچون لگد زدن سریع در میان هوا ، پرش های دیوار به دیوار و ضربه های غیرقابل دفاع بعد از دویدن های سریع، بهره مند شده است. بازی شامل 7 مرحله مختلف میشود که آخرین مرحله نوعی قلعه هوایی است که پایگاه اصلی دشمنان محسوب شده و در آنجا به مبارزه با Shadow Master خواهید رفت. شخصیت بازی علاوه بر حرکات و ضربه های عادی از 4 تکنیک ویژه نیز برخوردار است که عبارتند از ایجاد موقتِ حفاظی ضدضربه با استفاده از نیروی رعدوبرق، فراخواندن اژدهای آتشین، افزایش قدرت پرش و نهایتا خودکشی. مورد آخر با کم کردن یک عدد از جان های شما تمامی دشمنان روی صحنه را نابود کرده و همچنین خسارت های سنگینی را بر غول های بازی وارد میکند