شبهه افکنی همواره به عنوان یکی از ابزارهای دین ستیزی مطرح بوده است و معاندین با دست افکنی بدان درصدد تضعیف عقاید دینداران برمی آمدند. از آن جا که تفکر شیعی علاوه بر حقانیت آن به عنوان خطر اصلی جریان استکبار وجود دارد، بدیهی است که صهیونیسم جهانی و جریان ناحق ظلم و استبداد در این باره فعالیت قابل تأملی داشته باشند. از سوی دیگر با توجه به این واقعیت که جاء الحق و زهق الباطل، در صورت ارائه پاسخ های منطقی و متقن به شبهات، این ابزار تهدید به فرصت تبدیل شده و سبب استحکام اعتقادات دین مداران خواهد بود. از این رو معاونت پاسخگویی به شبهات کلامی پایگاه اطلاع رسانی دفتر حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی (مدظله العالی)  ضمن رصد شبهات و دریافت سوالات از مخاطبان خود به امر پژوهش و پاسخگویی به آنها پرداخته که درختواره موضوعی این شبهات با حدود 7000 پرسش و پاسخ،  به شرح زیر می باشد:

     اعتقادی
    دین و ادیان
    فرق و مذاهب
    قرآن و حدیث
    توحید و شرک
    نبوّت و رسالت
    امامت و خلافت
    اهل بیت(ع)
    عقیده و اندیشه
    دنیا و آخرت
    انسان و جهان

     فقهی
    احکام اسلامی
    فلسفه احکام

     اخلاقی
    آداب و سبک زندگی
    اخلاق و تزکیه
    موضوعات متفرّقه

در این نرم افزار بانک غنی پرسش ها و پاسخ های اعتقادی، فقهی و اخلاقی تولید شده در طی سالها فعالیت معاونت پاسخگویی و پژوهش پایگاه اطلاع رسانی دفتر معظم له با قابلیت های زیر ارائه شده است:
    ارائه سرفصل ها در درختواره به منظور سهولت دسترسی به موضوعات
    قابلیت جستجو در عناوین درختواره موضوعات
    قابلیت جستجوی پیشرفته (کل عبارت و یا عبارت به صورت عطفی و فصلی) در کل مسائل
    قابلیت نشان گذاری مسائل و ایجاد فهرست مربوطه