*****در روش اصلی شش مرحله وجود دارد*****
1. کاری را که باید انجام دهید انتخاب کنید.
2. زمان‌سنج پومودورو را تنظیم کنید (معمولاً روی 25 دقیقه).
3. روی انجام کار تمرکز کنید.
4. با به صدا درآمدن زمان‌سنج، کار را متوقف کنید و روی یک تکه کاغذ علامت تیک بگذارید.
5. اگر کمتر از چهار علامت تیک دارید، استراحت کوتاهی (3–5 دقیقه) کنید و سپس به مرحله 2 برگردید؛ در غیر این صورت، به مرحله 6 بروید.
6. پس از چهار پومودورو، استراحت طولانی‌تری (15–30 دقیقه) کنید، تعداد علامت‌های تیک را به صفر برگردانید و سپس به مرحله 1 بروید.

این برنامه را Linh Okita و Nyan توسعه داده‌اند.