داستان پنج سال پس از وقایع Contra III: The Alien Wars، یک گروه تروریستی به رهبری سرهنگ مرتد باهاموت یک سلول بیگانه را که از جنگ بازیابی شده بود به سرقت برده و اکنون قصد دارد از آن برای تولید سلاح استفاده کند. یک گروه ضربت جدید که به عنوان "سپاه سخت" شناخته می شود، برای مقابله با این وضعیت اعزام می شوند.