دزموند به چشم انداز اتزیو باز می گردد که در سال 1511 به قلعه سابق
Assassins در Masyaf سفر می کند تا درباره اسرار آنها بیشتر بداند. او می
بیند که مصیاف توسط تمپلارها اشغال شده است و آنها سعی می کنند او را اعدام
کنند. اتزیو فرار می کند و ورودی کتابخانه زیرزمینی ساخته شده توسط Altaïr
را کشف می کند که برای باز کردن قفل آن به پنج "کلید" نیاز است. تمپلارها
یک کلید را در زیر کاخ سلطان عثمانی پیدا کرده اند و بقیه را در قسطنطنیه
جستجو می کنند. اتزیو در سفر به آنجا با یوسف تازیم رهبر قاتلان عثمانی
ملاقات می کند و با سلیمان دانشجوی جوان دوست می شود. اتزیو به زودی متوجه
می‌شود که کلیدها توسط نیکولو پولو پنهان شده‌اند و با سوفیا سارتور، مسافر
و کلکسیونر ایتالیایی، آشنا می‌شود. اتزیو با کمک سوفیا کلیدها را پیدا می
کند و در عین حال احساساتی نسبت به او ایجاد می کند...