پس از اتفاقات بازی قبلی، دزموند، ویلیام، ربکا و شان معبد بزرگ اولین
تمدن را در غاری در نیویورک پیدا می‌کنند و با استفاده از سیب عدن خود به
آن دسترسی پیدا می‌کنند. هنگامی که جونو شروع به برقراری ارتباط با دزموند
می کند، دزموند وارد انیموس می شود تا با فوگ تجزیه کننده خود مقابله کند،
جایی که نفوذ جونو باعث می شود او خاطرات جد خود، هیثم کنوی را تجربه
کند...