داستان بازی در جریان سومین جنگ صلیبی در سال 1190 اتفاق می‌افتد، تقریباً یک سال قبل از رویدادهای Assassin's Creed. پس از یک ماموریت ناشناخته، قاتل الطائر بن لااحد به حلب می رسد که در محاصره تمپلارها است، که به دستور استاد بزرگ خود، لرد باسیلیسک، شهر را برای یافتن شخصی جستجو می کنند. پس از اطلاع از این موضوع از یک قاتل در حال مرگ، به Altaïr شمشیری داده می شود که او از آن برای مبارزه با مهاجمان استفاده می کند. پس از آن، المعلم، مربی اخوان قاتل، الطایر را مأمور یافتن "چالس" می کند، که گفته می شود باید قدرت را داشته باشد تا همه جناح ها را متحد کند و جنگ های صلیبی را با پیروزی طرفی که آن را در اختیار دارد، پایان دهد. با این حال، جام بسیار قدرتمند است و باید قبل از اینکه به دست افراد اشتباه بیفتد، نابود شود.