انیمه باغ خدایان کوسونوکی، داستان باغی در منطقه‌ای دورافتاده است که به دست میناتو از ارواح خبیث پاک می‌شود و سپس خدایان مختلفی ساکن آنجا می‌شوند و اتفاق‌های جدید و عجیبی در آنجا رخ می‌دهد.